Кримската хеморагична треска се диференцира от други хеморагични трески, грип, лептоспироза, менингокоцемия, коремен тиф, хирургични заболявания със синдром на "остър корем"; както и от тромбоцитопенична пурпура (болест на Верлхоф) с характерно подостро начало, липса на температурна реакция, хеморагичен обрив от малки петехии до големи екхимози по флексорните повърхности на крайниците, торса, чести кръвотечения от носа и други кръвоизливи, хипохромна анемия, левкоцитоза, тромбоцитопения и липса на промени в сърдечно-съдовата система.