Пациентите са обезпокоени от следните симптоми на кърлежов енцефалит: главоболие, обща слабост, неразположение, втрисане, чувство на топлина, изпотяване, замаяност, болка в очните ябълки и фотофобия, загуба на апетит, болки в мускулите, костите, гръбначния стълб, горните и долните крайници, кръста, врата и ставите.