Алоимунната, или изоимунна, неутропения на новородените се среща при плода поради антигенна несъвместимост на неутрофилите на плода и майката. Изоантителата на майката принадлежат към клас IgG, те проникват през плацентарната бариера и разрушават неутрофилите на детето. Изоантителата обикновено са левкоаглутинини, те реагират с клетките на пациента и баща му, не реагират с клетките на майката.