Лечението на менингококова инфекция зависи от клиничната форма на заболяването. В случай на назофарингит, терапията е симптоматична. Ако диагнозата се потвърди бактериологично, се използват бензилпеницилин, ампицилин, цефалоспорини от първо и второ поколение, хлорамфеникол, пефлоксацин в средни терапевтични дози в продължение на 3 дни. Не трябва да се използват ко-тримоксазол и аминогликозиди, към които повечето съществуващи в момента щамове на менингококи са резистентни.