Откриването на патогена е от решаващо значение за потвърждаване на диагнозата пневмоцистоза. Основният материал за изследването са храчки, бронхиални секрети, промивки, получени по време на бронхиален лаваж или бронхоалвеоларен лаваж, парченца белодробна тъкан, взети по време на трансбронхиална, перкутанна или отворена биопсия. Най-често, поради тежкото състояние на пациента, тези манипулации не се извършват, за да се избегнат усложнения.