Клинично диагнозата шигелоза може да се установи само в случаи на типичен колитичен вариант на заболяването. За уточняване на диагнозата в случаи, непотвърдени от лабораторни изследвания, се извършва ректоскопия, която във всички случаи на шигелоза разкрива картина на колит (катарален, хеморагичен или ерозивно-улцерозен) с увреждане на лигавицата на дисталния дебело черво, често сфинктерит.