Нарушенията в метаболизма на хромопротеините засягат както екзогенните, така и ендогенните пигменти. Ендогенните пигменти (хромопротеини) се разделят на три вида: хемоглобиногенни, протеиногенни и липидогенни. Нарушенията се състоят в намаляване или увеличаване на количеството пигменти, образувани при нормални условия, или поява на пигменти, образувани при патологични условия.