Алфа-синуклеинът се счита за един от факторите, които провокират болестта на Паркинсон: по време на заболяването структурата му се нарушава, става аморфна и неподредена, което води до образуването на протеинови агрегати, както и до смъртта на неврони в централната нервна система.