Причинителят на кърлежовия вирусен енцефалит принадлежи към рода флавивируси. Вирионът е сферичен, с диаметър 40-50 nm, съдържа РНК и се размножава добре в много тъканни култури. От лабораторните животни най-чувствителни към вируса са белите мишки, хамстерите, маймуните и памуковите плъхове. Много домашни животни също са податливи на вируса на кърлежовия енцефалит.