Цепка на мекото небце възниква, когато ембрионалните зачатъци на мекото небце не се сливат. Небните пластинки не се сливат напълно по средната линия, което се реализира при различни дефекти на мекото небце - от най-незначителните, например, когато е разцепен само езикът (uvula bifida), до пълна цепка на мекото небце, често обхващаща и твърдото небце.