За изолиране на полиморфни ДНК региони се използват бактериални ензими - рестриктази, чийто продукт са рестрикционни сайтове. Спонтанните мутации, които се случват в полиморфните сайтове, ги правят резистентни или, обратно, чувствителни към действието на специфична рестриктаза.