Откриването и диференцирането на протозои (разграничаване на патогенни от непатогенни форми) е доста сложна задача. Повечето едноклетъчни организми във фекалиите се срещат в две форми: вегетативна (стадий трофозоит) - активна, подвижна, жизнена, лесно податлива на вредни въздействия (по-специално, охлаждане) и следователно бързо умираща след отделяне от червата, и под формата на цисти (ооцисти), устойчиви на външни влияния.