Всички пробиотици се разделят на няколко групи в зависимост от това, което е в основата на класификацията. Един пробиотик може да съдържа няколко компонента, в тази връзка се разграничават монокомпонентни препарати, които имат само един специфичен вид бактерии. Тези микроорганизми са несъмнено полезни за червата, по-специално за микрофлората.